医院前身为1928年建立的兰州中山医院，1932年成为甘肃学院医学专修科的教学医院，是甘肃省最早建立的公立医院。1946年更名为“国立兰州大学附设医院”，1948年更名为“兰州大学医学院附设医院”，1954年从兰州大学分出独立建院，更名为“兰州医学院附设医院”，1959年成立“兰州医学院第二附属医院”，2004年随兰州医学院整体并入兰州大学，更名为“兰州大学第二医院”医院本部占地155亩，总建筑面积约40.1万平方米。现有职工5159人。开放床位3500张，2016全年门诊量 145万人次，同比增长10.88%；出院病人 8.76万人次，同比增长8.68%；手术量5.4万台次，同比增长20.81%。医院本部设有24个行政职能处室，118个临床医技科室、210个亚学科、5个国家级重点专科、13个省级重点专科，9个护理分部，29个教研室，43个专科研究所。